<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE article PUBLIC "-//NLM//DTD JATS (Z39.96) Journal Publishing DTD v1.3 20210610//EN" "JATS-journalpublishing1-3.dtd">
<article article-type="research-article" dtd-version="1.3" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xml:lang="ru"><front><journal-meta><journal-id journal-id-type="publisher-id">fcmedicine</journal-id><journal-title-group><journal-title xml:lang="ru">Фундаментальная и клиническая медицина</journal-title><trans-title-group xml:lang="en"><trans-title>Fundamental and Clinical Medicine</trans-title></trans-title-group></journal-title-group><issn pub-type="ppub">2500-0764</issn><issn pub-type="epub">2542-0941</issn><publisher><publisher-name>КемГМУ</publisher-name></publisher></journal-meta><article-meta><article-id pub-id-type="doi">10.23946/2500-0764-2020-5-3-8-17</article-id><article-id custom-type="elpub" pub-id-type="custom">fcmedicine-293</article-id><article-categories><subj-group subj-group-type="heading"><subject>Research Article</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="section-heading" xml:lang="ru"><subject>ОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИ</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="section-heading" xml:lang="en"><subject>ORIGINAL RESEARCH</subject></subj-group></article-categories><title-group><article-title>Эпидемический потенциал COVID-19 в Омской области и оценка возможного влияния противоэпидемических мероприятий</article-title><trans-title-group xml:lang="en"><trans-title>Epidemic potential of COVID-19 in Omsk region and assessment of the anti-epidemic measures</trans-title></trans-title-group></title-group><contrib-group><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-0756-2271</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Блох</surname><given-names>А. И.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Blokh</surname><given-names>A. I.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Блох Алексей Игоревич, ассистент кафедры эпидемиологии; младший научный сотрудник </p><p>644050, Омск, ул. Мира, д. 9</p><p>644099, Омск, ул. Ленина, д. 12</p><p>644050, Омск, ул. Мира, 7</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Dr. Alexey I. Blokh, MD, Assistant Professor, Department of Epidemiology; Junior Researcher </p><p>7, Mira Street, Omsk, 644050</p><p>12, Lenina Street, Omsk, 644099</p><p>7, Mira Street, Omsk, 644050 </p></bio><email xlink:type="simple">spy_spirit@mail.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-7220-4366</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Пеньевская</surname><given-names>Н. А.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Penievskaya</surname><given-names>N. A.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Пеньевская Наталья Александровна, доктор медицинских наук, доцент, заместитель директора института по научной работе; профессор кафедры эпидемиологии </p><p>644050, Омск, ул. Мира, 7</p><p>644099, Омск, ул. Ленина, д. 12 </p></bio><bio xml:lang="en"><p>Dr. Natalia A. Penievskaya, MD, PhD, Chief Research Officer; Professor, Department of Epidemiology </p><p>7, Mira Street, Omsk, 644050</p><p>12, Lenina Street, Omsk, 644099 </p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0001-9566-9214</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Рудаков</surname><given-names>Н. В.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Rudakov</surname><given-names>N. V.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Рудаков Николай Викторович, доктор медицинских наук, профессор, директор института; заведующий кафедрой микробиологии, вирусологии и иммунологии </p><p>644050, Омск, ул. Мира, 7</p><p>644099, Омск, ул. Ленина, д. 12</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Prof. Nikolay V. Rudakov, MD, PhD, Professor, Chief Executive Officer; Head of Department of Microbiology,Virology and Immunology </p><p>7, Mira Street, Omsk, 644050</p><p>12, Lenina Street, Omsk, 644099 </p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-6811-9986</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Лазарев</surname><given-names>И. И.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Lazarev</surname><given-names>I. I.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Лазарев Игорь Иванович, стажер-исследователь</p><p>644099, Омск, ул. Ленина, д. 12 </p></bio><bio xml:lang="en"><p>Dr. Igor I. Lazarev, Research Associate</p><p>12, Lenina Street, Omsk, 644099 </p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff-2"/></contrib></contrib-group><aff-alternatives id="aff-1"><aff xml:lang="ru"><institution>ФБУН «Омский НИИ природно-очаговых инфекций» Роспотребнадзора; ФГБОУ ВО «Омский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения Российской Федерации</institution><country>Россия</country></aff><aff xml:lang="en"><institution>Omsk Research Institute of Natural Focal Infections; Omsk State Medical University</institution><country>Russian Federation</country></aff></aff-alternatives><aff-alternatives id="aff-2"><aff xml:lang="ru"><institution>ФГБОУ ВО «Омский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения Российской Федерации</institution><country>Россия</country></aff><aff xml:lang="en"><institution>Omsk State Medical University</institution><country>Russian Federation</country></aff></aff-alternatives><pub-date pub-type="collection"><year>2020</year></pub-date><pub-date pub-type="epub"><day>29</day><month>09</month><year>2020</year></pub-date><volume>5</volume><issue>3</issue><fpage>8</fpage><lpage>17</lpage><permissions><copyright-statement>Copyright &amp;#x00A9; Блох А.И., Пеньевская Н.А., Рудаков Н.В., Лазарев И.И., 2020</copyright-statement><copyright-year>2020</copyright-year><copyright-holder xml:lang="ru">Блох А.И., Пеньевская Н.А., Рудаков Н.В., Лазарев И.И.</copyright-holder><copyright-holder xml:lang="en">Blokh A.I., Penievskaya N.A., Rudakov N.V., Lazarev I.I.</copyright-holder><license xml:lang="ru" license-type="creative-commons-attribution" xlink:href="https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/" xlink:type="simple"><license-p>Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.</license-p></license><license xml:lang="en" license-type="creative-commons-attribution" xlink:href="https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/" xlink:type="simple"><license-p>This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.</license-p></license></permissions><self-uri xlink:href="https://fcm.kemsmu.ru/jour/article/view/293">https://fcm.kemsmu.ru/jour/article/view/293</self-uri><abstract><p>Цель. Изучить распространение COVID-19 среди населения Омской области на протяжении первых 115 дней эпидемического неблагополучия на фоне противоэпидемических мероприятий. Материалы и методы. Выполнено описательное эпидемиологическое исследование на основе данных ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Омской области» по официальному учёту и эпидемиологическому расследованию выявленных случаев COVID-19 на территории Омской области за период с 27 марта по 19 июля 2020 года. Для оценки потенциала COVID-19 к распространению рассчитаны экспоненциальный темп прироста (r), базовый показатель репродукции (R0), эффективный показатель репродукции (Rt), ожидаемый естественный размах эпидемии и порог коллективного иммунитета. Обработка данных выполнена с использованием MS Excel 2010. Построение картограммы проводилось в приложении QGIS 3.12-Bukuresti в системе координат EPSG: 3576. Результаты. За период с 27 марта по 19 июля 2020 года на территории Омской области было зарегистрировано 5503 случаев COVID-19, показатель заболеваемости составил 285,60/0000 (95% ДИ 278,1÷293,2), летальность по завершенным случаям – 1,5%, по выявленным случаям – 0,9%. Наиболее активное распространение COVID-19 отмечено в г. Омске и 5 из 32 районов области (Калачинском, Нововаршавском, Русско-Полянском, Москаленском, Азовском немецком национальном). Наименее вовлечены в эпидемический процесс возрастные группы от 0 до 19 лет и 20-29 лет. Наиболее уязвимы мужчины 55-69 лет и женщины 50-64 лет. В структуре клинических форм COVID-19 на протяжении периода наблюдения отмечено уменьшение доли выявляемых бессимптомных форм и увеличение доли пневмоний. Установлено многократное увеличение числа внебольничных пневмоний в июне и июле 2020 г. по сравнению со среднемноголетними значениями 2017–2019 гг. На фоне проводимых противоэпидемических мероприятий экспоненциальный темп прироста кумулятивного количества случаев COVID-19 составлял 6,6% в сутки, R0 - 1,4-1,5, Rt - 1,18, порог коллективного иммунитета – 28,6%. Ожидаемый размах эпидемии при условии продолжения действия ограничительных мер может достигнуть 58,0% переболевшего населения. Заключение. Потенциал COVID-19 к распространению среди населения Омской области подавлен недостаточно. Уменьшение количества выявляемых вирусоносителей, неполное выявление COVID-19 среди заболевших внебольничными пневмониями создают дополнительные риски для скрытого распространения инфекции и осложнения эпидемической ситуации. Сохранение ограничительных мероприятий и превышение порога коллективного иммунитета (28,6% населения) позволит значительно снизить риски усиления распространения COVID-19 в Омской области.</p></abstract><trans-abstract xml:lang="en"><p>Aim. To study the spread of COVID-19 among the population of the Omsk region during the first 115 days of the epidemic. Materials and Methods. We carried out a descriptive epidemiological study using the data from the Center for Hygiene and Epidemiology in the Omsk Region on the officially registered cases of COVID-19 in the Omsk Region from March 27 to July 19, 2020. The following indicators were calculated: exponential growth rate (r), basic reproduction number (R0), effective reproduction number (Rt), expected natural epidemic size and herd immunity threshold. Results. During the indicated period, there were 5,503 cases of COVID-19 in the Omsk Region. The incidence rate was 285.60/ 0000 (95% CI 278.1 – 293.2), the case fatality rate was 1.5% for completed cases and 0.9^ for all cases. The most active spread of COVID-19 was noted in Omsk and in 5 out of 32 districts of the region (Kalachinskiy, Novovarshavskiy, Russko-Polyanskiy, Moskalenskiy, and Azov German National District). Individuals &lt; 30 years of age were among the least involved in the epidemic process. Among the most affected groups were 55-69 years-old males and 50-64-years-old females. During the observation period, the proportion of asymptomatic forms gradually reduced along with the increase in the proportion of pneumonia cases. A manifold increase in the incidence of community-acquired pneumonia was registered in June and July 2020 compared to the average values in 2017-2019. The exponential growth rate was 6.6% per day, R0 was 1.4-1.5, Rt was 1.18, and herd immunity threshold was 28.6%. The expected size of the epidemic at sustained anti-epidemic measures was 58.0% of the population. Conclusion. The spread of COVID-19 in the Omsk region is not sufficiently suppressed. Reduced number of asymptomatic cases and incomplete detection of COVID-19 among the patients with community-acquired pneumonia may contribute to the latent spread of the infection and complicated epidemic situation. Maintenance of the restrictive measures and acquirement of the herd immunity (over 28.6% population) may significantly reduce the spread of COVID-19 in the Omsk Region.</p></trans-abstract><kwd-group xml:lang="ru"><kwd>эпидемиология</kwd><kwd>COVID-19</kwd><kwd>экспоненциальный темп прироста</kwd><kwd>показатель репродукции</kwd><kwd>ожидаемый естественный размах эпидемии</kwd><kwd>порог коллективного иммунитета</kwd></kwd-group><kwd-group xml:lang="en"><kwd>epidemiology</kwd><kwd>COVID-19</kwd><kwd>exponential growth rate</kwd><kwd>reproduction number</kwd><kwd>epidemic</kwd><kwd>herd&#13;
immunity</kwd></kwd-group><funding-group><funding-statement xml:lang="ru">Авторы выражают признательность сотрудникам ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Омской области»: главному врачу Никитину С.В., заведующей отделом обеспечения эпидемиологического надзора Михайловой О.А., а также Федорову А.С. за оказанную помощь по сбору материалов для данного исследования.</funding-statement><funding-statement xml:lang="en">The authors express their gratitude to the staff of the Center for Hygiene and Epidemiology in the Omsk Region: S.V. Nikitin (Chief Medical Officer), Mikhailova O.A. (Head of the Department of Epidemiological Surveillance), and to A.S. Fedorov for the assistance in collection of the materials for this study.</funding-statement></funding-group></article-meta></front><back><ref-list><title>References</title><ref id="cit1"><label>1</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">WHO. WHO Director-General's opening remarks at the media briefing on COVID-19 - 11 March 2020. Available at: https://www.who.int/dg/speeches/detail/who-director-general-sopening-remarks-at-the-media-briefing-on-covid-19---11-march-2020. Accessed: 29.07.2020.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">WHO. WHO Director-General's opening remarks at the media briefing on COVID-19 - 11 March 2020. Available at: https://www.who.int/dg/speeches/detail/who-director-general-sopening-remarks-at-the-media-briefing-on-covid-19---11-march-2020. Accessed: 29.07.2020.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit2"><label>2</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">WHO. Coronavirus disease (COVID-19). Situation Report – 182. Available at: https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/situation-reports/20200720-covid-19-sitrep-182.pdf?sfvrsn=60aabc5c_2. Accessed: 29.07.2020.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">WHO. Coronavirus disease (COVID-19). Situation Report – 182. Available at: https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/situation-reports/20200720-covid-19-sitrep-182.pdf?sfvrsn=60aabc5c_2. Accessed: 29.07.2020.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit3"><label>3</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Wallinga J, Lipsitch M. How generation intervals shape the relationship between growth rates and reproductive numbers. Proc Biol Sci. 2007;274(1609):599-604. https://doi.org/10.1098/rspb.2006.3754</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Wallinga J, Lipsitch M. How generation intervals shape the relationship between growth rates and reproductive numbers. Proc Biol Sci. 2007;274(1609):599-604. https://doi.org/10.1098/rspb.2006.3754</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit4"><label>4</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Nishiura H, Linton NM, Akhmetzhanov AR. Serial interval of novel coronavirus (COVID-19) infections. Int J Infect Dis. 2020;93:284-286. https://doi.org/10.1016/j.ijid.2020.02.060</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Nishiura H, Linton NM, Akhmetzhanov AR. Serial interval of novel coronavirus (COVID-19) infections. Int J Infect Dis. 2020;93:284-286. https://doi.org/10.1016/j.ijid.2020.02.060</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit5"><label>5</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Park M, Cook AR, Lim JT, Sun Y, Dickens BL. A Systematic Review of COVID-19 Epidemiology Based on Current Evidence. J. Clin. Med. 2020;9(4):967. https://doi.org/10.3390/jcm9040967</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Park M, Cook AR, Lim JT, Sun Y, Dickens BL. A Systematic Review of COVID-19 Epidemiology Based on Current Evidence. J. Clin. Med. 2020;9(4):967. https://doi.org/10.3390/jcm9040967</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit6"><label>6</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Miller JC. A note on the derivation of epidemic final sizes. Bull Math Biol. 2012;74(9):2125-2141. https://doi.org/10.1007/s11538-012-9749-6</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Miller JC. A note on the derivation of epidemic final sizes. Bull Math Biol. 2012;74(9):2125-2141. https://doi.org/10.1007/s11538-012-9749-6</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit7"><label>7</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Rodpothong P, Auewarakul P. Viral evolution and transmission effectiveness. World J Virol. 2012;1(5):131-134. https://doi.org/10.5501/wjv.v1.i5.131</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Rodpothong P, Auewarakul P. Viral evolution and transmission effectiveness. World J Virol. 2012;1(5):131-134. https://doi.org/10.5501/wjv.v1.i5.131</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit8"><label>8</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Cori A, Ferguson NM, Fraser C, Cauchemez S. A new framework and software to estimate time-varying reproduction numbers during epidemics. Am J Epidemiol. 2013;178(9):1505- 1512. https://doi.org/10.1093/aje/kwt133</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Cori A, Ferguson NM, Fraser C, Cauchemez S. A new framework and software to estimate time-varying reproduction numbers during epidemics. Am J Epidemiol. 2013;178(9):1505- 1512. https://doi.org/10.1093/aje/kwt133</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit9"><label>9</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Stolwijk AM, Straatman H, Zielhuis GA. Studying seasonality by using sine and cosine functions in regression analysis. J Epidemiol Community Health. 1999;53(4):235-238. https://doi.org/10.1136/jech.53.4.235</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Stolwijk AM, Straatman H, Zielhuis GA. Studying seasonality by using sine and cosine functions in regression analysis. J Epidemiol Community Health. 1999;53(4):235-238. https://doi.org/10.1136/jech.53.4.235</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit10"><label>10</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">WHO. Coronavirus disease (COVID-19). Situation Report – 46. Available at: https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/situation-reports/20200327-sitrep-67-covid-19.pdf?sfvrsn=b65f68eb_4. Accessed: 29.07.20.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">WHO. Coronavirus disease (COVID-19). Situation Report – 46. Available at: https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/situation-reports/20200327-sitrep-67-covid-19.pdf?sfvrsn=b65f68eb_4. Accessed: 29.07.20.</mixed-citation></citation-alternatives></ref></ref-list><fn-group><fn fn-type="conflict"><p>The authors declare that there are no conflicts of interest present.</p></fn></fn-group></back></article>
