<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE article PUBLIC "-//NLM//DTD JATS (Z39.96) Journal Publishing DTD v1.3 20210610//EN" "JATS-journalpublishing1-3.dtd">
<article article-type="research-article" dtd-version="1.3" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xml:lang="ru"><front><journal-meta><journal-id journal-id-type="publisher-id">fcmedicine</journal-id><journal-title-group><journal-title xml:lang="ru">Фундаментальная и клиническая медицина</journal-title><trans-title-group xml:lang="en"><trans-title>Fundamental and Clinical Medicine</trans-title></trans-title-group></journal-title-group><issn pub-type="ppub">2500-0764</issn><issn pub-type="epub">2542-0941</issn><publisher><publisher-name>КемГМУ</publisher-name></publisher></journal-meta><article-meta><article-id pub-id-type="doi">10.23946/2500-0764-2020-5-4-21-29</article-id><article-id custom-type="elpub" pub-id-type="custom">fcmedicine-330</article-id><article-categories><subj-group subj-group-type="heading"><subject>Research Article</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="section-heading" xml:lang="ru"><subject>ОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИ</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="section-heading" xml:lang="en"><subject>ORIGINAL RESEARCH</subject></subj-group></article-categories><title-group><article-title>Оценка современной лабораторной диагностики пневмококковых внебольничных пневмоний</article-title><trans-title-group xml:lang="en"><trans-title>Assessment of current laboratory diagnosis of pneumococcal community-acquired pneumonia</trans-title></trans-title-group></title-group><contrib-group><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0003-3320-1645</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Кошкарина</surname><given-names>Е. А.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Koshkarina</surname><given-names>Е. A.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Кошкарина Евгения Андреевна, ассистент кафедры эпидемиологии, микробиологии и доказательной медицины</p><p>603005, г. Нижний Новгород, пл. Минина и Пожарского, д.10/1</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Evgenia A. Koshkarina, MD, Assistant Professor, Department of Epidemiology, Microbiology and Evidence-Based Medicine</p><p>10/1, Minin and Pozharsky Square, Nizhny Novgorod, 603005</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-9595-547X</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Ковалишена</surname><given-names>О. В.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Kovalishena</surname><given-names>O. V.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Ковалишена Ольга Васильевна, доктор медицинских наук., доцент, заведующий кафедрой эпидемиологии, микробиологии и доказательной медицины</p><p>603005, г. Нижний Новгород, пл. Минина и Пожарского, д.10/1</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Olga V. Kovalishena, MD, DSc, Head at the Department of Epidemiology, Microbiology and Evidence-Based Medicine</p><p>10/1, Minin and Pozharsky Square, Nizhny Novgorod, 603005</p></bio><email xlink:type="simple">evgesha-art1990@mail.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-3629-4712</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Саперкин</surname><given-names>Н. В.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Saperkin</surname><given-names>N. V.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Саперкин Николай Валентинович, кандидат медицинских наук., доцент кафедры эпидемиологии, микробиологии и доказательной медицины</p><p>603005, г. Нижний Новгород, пл. Минина и Пожарского, д.10/1</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Nikolai V. Saperkin, MD, PhD, Associate Professor, Department of Epidemiology, Microbiology and Evidence-Based Medicine</p><p>10/1, Minin and Pozharsky Square, Nizhny Novgorod, 603005</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0001-5353-4960</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Краснов</surname><given-names>В. В.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Krasnov</surname><given-names>V. V.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Краснов Виктор Валентинович, доктор медицинских наук, профессор, зав. кафедрой инфекционных болезней</p><p>603005, г. Нижний Новгород, пл. Минина и Пожарского, д.10/1</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Viktor V. Krasnov, MD, DSc, Professor, Head of the Department of Infectious Diseases</p><p>10/1, Minin and Pozharsky Square, Nizhny Novgorod, 603005</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-5298-0384</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Зубаров</surname><given-names>П. Г.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Zubarov</surname><given-names>Р. G.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Зубаров Петр Георгиевич, кандидат медицинских наук, главный внештатный специалист по инфекционным болезням Нижегородской области, заместитель главного врача по медицинской части </p><p>603142, г. Нижний Новгород, пр. Ильича, д. 54</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Petr G. Zubarov, MD, PhD, Chief Infectionist of the Nizhniy Novgorod Region, Deputy Chief Physician</p><p>54, Building 1, Prospekt Ilyicha, Nizhny Novgorod, 603142</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff-2"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-6040-9866</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Чеканина</surname><given-names>О. М.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Chekanina</surname><given-names>O. М.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Чеканина Оксана Михайловна, врач клинико-лабораторной диагностики Университетской клиники </p><p>603005, г. Нижний Новгород, пл. Минина и Пожарского, д.10/1</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Oksana M. Chekanina, MD, Medical Laboratory Specialist, University Clinic</p><p>10/1, Minin and Pozharsky Square, Nizhny Novgorod, 603005</p></bio><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib></contrib-group><aff-alternatives id="aff-1"><aff xml:lang="ru"><institution>ФГБОУ ВО «Приволжский исследовательский медицинский университет» Министерства здравоохранения Российской Федерации</institution><country>Россия</country></aff><aff xml:lang="en"><institution>Privolzhskiy Research Medical University</institution><country>Russian Federation</country></aff></aff-alternatives><aff-alternatives id="aff-2"><aff xml:lang="ru"><institution>ГБУЗ НО «Инфекционная больница №23»</institution><country>Россия</country></aff><aff xml:lang="en"><institution>Infectious Diseases Hospital №23</institution><country>Russian Federation</country></aff></aff-alternatives><pub-date pub-type="collection"><year>2020</year></pub-date><pub-date pub-type="epub"><day>23</day><month>12</month><year>2020</year></pub-date><volume>5</volume><issue>4</issue><fpage>21</fpage><lpage>29</lpage><permissions><copyright-statement>Copyright &amp;#x00A9; Кошкарина Е.А., Ковалишена О.В., Саперкин Н.В., Краснов В.В., Зубаров П.Г., Чеканина О.М., 2020</copyright-statement><copyright-year>2020</copyright-year><copyright-holder xml:lang="ru">Кошкарина Е.А., Ковалишена О.В., Саперкин Н.В., Краснов В.В., Зубаров П.Г., Чеканина О.М.</copyright-holder><copyright-holder xml:lang="en">Koshkarina Е.A., Kovalishena O.V., Saperkin N.V., Krasnov V.V., Zubarov Р.G., Chekanina O.М.</copyright-holder><license xml:lang="ru" license-type="creative-commons-attribution" xlink:href="https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/" xlink:type="simple"><license-p>Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.</license-p></license><license xml:lang="en" license-type="creative-commons-attribution" xlink:href="https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/" xlink:type="simple"><license-p>This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.</license-p></license></permissions><self-uri xlink:href="https://fcm.kemsmu.ru/jour/article/view/330">https://fcm.kemsmu.ru/jour/article/view/330</self-uri><abstract><sec><title>Цель</title><p>Цель. Дать этиологическую характеристику внебольничных пневмоний у госпитализированных пациентов детского возраста с оценкой диагностической эффективности применяемых методов лабораторной диагностики пневмококковой внебольничной пневмонии (ВП).</p></sec><sec><title>Материалы и методы</title><p> Материалы и методы. Проведено научное диагностическое описательно-оценочное выборочное эпидемиологическое исследование этиологии ВП у госпитализированных пациентов детского возраста. Всем пациентам были проведены ИХА на наличие в моче растворимого антигена Streptococcus рneumoniaе и молекулярно-генетические исследования (ПЦР) биологического материала на наличие генетического материала Mycoplasma pneumoniae, Chlamydophila pneumoniae, Haemophilus influenzae тип b, Streptococcus pneumoniae и SARS-CoV-2. Оценены параметры валидности иммунохроматографического экспресс-анализа (ИХА) для диагностики пневмококковой внебольничной пневмонии у детей по сравнению с полимеразной цепной реакцией (ПЦР).</p></sec><sec><title>Результаты</title><p>Результаты. Среди исследуемой группы пациентов в основном преобладали девочки (65,5%). Наибольший удельный вес госпитализированных детей приходился на возрастную группу 6−7 лет. У 65,5% обследованных пациентов обнаружены ДНК Streptococcus pneumoniae, у 13,8% − Mycoplasma pneumoniae. Ассоциации были выявлены у 13,7% пациентов (10,3% − Mycoplasma pneumoniae+Streptococcus pneumoniae и 3,4% − Streptococcus pneumoniae+Haemophilus influenzae ). Генетический материал Chlamydophila pneumoniae и SARS-CoV-2 не был обнаружен. На долю нерасшифрованных ВП пришлось 6,9%. Диагностическая эффективность ИХА составила 27,58%. Показатель чувствительности ИХА был достаточно небольшим, составив 9,09%, на фоне относительно высокой специфичности – 85,7%. Прогностическая ценность положительного результата (ПЦ+) ИХА экспресс-теста указывает на 66,63%-ную вероятность того, что на данный момент пациент действительно болен пневмококковой ВП. Прогностическая ценность отрицательного результата (ПЦ-) была в пределах 23,07%. С учетом значения ПЦ+ и ПЦ- рассчитаны показатели правдоподобия. Отношение вероятности получения положительного результата теста у больного к вероятности положительного результата у здорового пациента составило 0,64.</p></sec><sec><title>Заключение</title><p>Заключение. Экспресс-ИХА может быть рекомендован только в комбинации с другими лабораторными методами для диагностики или скрининга ВП пневмококковой этиологии у детей.</p></sec></abstract><trans-abstract xml:lang="en"><sec><title>Aim</title><p>Aim. To investigate the aetiology of community-acquired pneumonia in hospitalised children and to evaluate the accuracy of the methods for its laboratory confirmation.</p></sec><sec><title>Materials and Methods</title><p> Materials and Methods. We performed descriptive and cross-sectional epidemiological studies. Results of the rapid immunochromatographic assay (ICT) were compared with those obtained by polymerase chain reaction (PCR).</p></sec><sec><title>Results</title><p> Results. DNA of Streptococcus pneumoniae and Mycoplasma pneumoniae was found in 65.5% and 13.8% of the patients. Microbial associations were observed in 13.7% of patients (Mycoplasma pneumoniae + Streptococcus pneumoniae, 10.3%; Streptococcus pneumoniae + Haemophilus influenzae, 3.4%). Chlamydophila pneumoniae and SARS-CoV-2 were not detected. The cause of community-acquired pneumonia was not identified in 6.9% of the cases. A diagnostic accuracy of ICT was 27.58% and its sensitivity was relatively small (9.09%; 95% CI 1; 29), compared with a relatively high specificity (85.7%; 95% CI 42; 100).</p></sec><sec><title>Conclusions</title><p> Conclusions. Rapid ICT assay must be accompanied by the PCR or other diagnostic methods for the diagnosis of pneumococcal community-acquired pneumonia in children.</p></sec></trans-abstract><kwd-group xml:lang="ru"><kwd>внебольничные пневмонии</kwd><kwd>лабораторная диагностика</kwd><kwd>этиологическая структура</kwd><kwd>диагностическая эффективность</kwd></kwd-group><kwd-group xml:lang="en"><kwd>community-acquired pneumonia</kwd><kwd>laboratory diagnostics</kwd><kwd>etiological structure</kwd><kwd>diagnostic efficiency</kwd></kwd-group></article-meta></front><back><ref-list><title>References</title><ref id="cit1"><label>1</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Министерство здравоохранения РФ. Российское респираторное общество; Межрегиональная ассоциация по клинической микробиологии и антимикробной химиотерапии. Клинические рекомендации. Внебольничная пневмония. МКБ 10: J13-J18. 2018. Ссылка активна на 21.11.2020 Available at: https://www.antibiotic.ru/files/pdf/2018/ vp2018-project.pdf. Accessed: 28 November, 2020.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Ministry of Health of the Russian Federation. Russian Respiratory Society; Interregional Association for Clinical Microbiology and Antimicrobial Chemotherapy. Clinical guidelines. Community-acquired pneumonia. ICD 10: J13-J18. 2018. (In Russ.). Available at: https://www.antibiotic.ru/files/pdf/2018/ vp2018-project.pdf. Accessed: 28 November, 2020.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit2"><label>2</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Дворецкий Л.И., Яковлев С.В., Карнаушкина М.А. Внебольничная пневмония. Клинические рекомендации. Вчера, сегодня и завтра. (Круглый стол: терапевт, пульмонолог, клинический фармаколог). Consilium Medicum. 2019;21 (3): 9-14 https://doi.org/1 0.26442/20751753.2019.3.190210</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Dvoretsky LI, Iakovlev SV, Karnaushkina MA. Community-acquired pneumonia. Clinical recommendations. Yesterday, today and tomorrow. to the article (round-table discussion: physician, pulmonologist, clinical pharmacologist). Consilium Medicum. 2019;21(3):9-14. (In Russ.) https://doi.org/1 0.26442/20751753.2019.3.190210</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit3"><label>3</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Nascimento-Carvalho CM. Community-acquired pneumonia among children: the latest evidence for an updated management. J Pediatr (Rio J). 2020;96 Suppl 1:29-38. https:// doi.org/10.1016/j.jped.2019.08.003</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Nascimento-Carvalho CM. Community-acquired pneumonia among children: the latest evidence for an updated management. J Pediatr (Rio J). 2020;96 Suppl 1:29-38. https:// doi.org/10.1016/j.jped.2019.08.003</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit4"><label>4</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Regunath H, Oba Y. Community-Acquired Pneumonia. 2020 Aug 10. In: StatPearls [Internet]. Treasure Island (FL): StatPearls Publishing; 2020. https://doi.org/10.32388/9bru9y</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Regunath H, Oba Y. Community-Acquired Pneumonia. 2020 Aug 10. In: StatPearls [Internet]. Treasure Island (FL): StatPearls Publishing; 2020. https://doi.org/10.32388/9bru9y</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit5"><label>5</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Кошкарина Е.А., Ковалишена О.В., Благонравова А.С., Кучеренко Н.С., Княгина О.Н., Шарабакина М.А., Садыкова Н.А. Современная эпидемиологическая характеристика заболеваемости внебольничными пневмониями. Медицинский альманах. 2018;4(55):86-89 https:// doi.org/10.21145/2499-9954-2018-4-86-89</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Koshkarina E.A., Kovalishena O.V., Kucherenko N.S., Sadykova N.A., Sharabakina N.A., Blagonravova A.S. Modern epidemiological characteristics of the incidence of community-acquired pneumonia. Medicinskij al'manah. 2018;4(55):86-89. (In Russ.). https:// doi.org/10.21145/2499-9954-2018-4-86-89</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit6"><label>6</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Зайцев А.А. Внебольничная пневмония: возможности диагностики, лечения и вакцинопрофилактики в условиях пандемии Сovid-19. Практическая пульмонология. 2020;1:14-21</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Zaitsev A.A. Community-acquired pneumonia: opportunities for diagnosis, treatment and vaccine prevention in the context of the COVID-19 pandemic. Prakticheskaya pul'monologiya. 2020;(1):14-21. (In Russ.).</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit7"><label>7</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Зарипова А.З., Валиева Р.И., Баязитова Л.Т., Целищева М.В. Диагностика пневмококковых инфекций респираторного тракта. Практическая пульмонология. 2018;(4):74-</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Zaripova AZ, Valieva RI, Bayazitova LT, Celishcheva MV. Diagnostics of the pneumococcal respiratory tract infections. Prakticheskaya pul'monologiya. 2018;(4):74-88. (In Russ.).</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit8"><label>8</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Лабораторная диагностика внебольничных пневмоний: МУК 4.2.3115-13 от 21 октября 2013 г. М.: Федеральный центр гигиены и эпидемиологии;</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Laboratory diagnostics of community-acquired pneumonia: MUK 4.2.3115-13 dated October 21, 2013. Moscow: Federal Center for Hygiene and Epidemiology; 2013. (In Russ.).</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit9"><label>9</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Николенко В.В., Фельдблюм И.В., Захарова Ю.А., Воробьева Н.Н. Сравнительная оценка специфичности и чувствительности иммунохроматографического экспресс-теста и полимеразной цепной реакции при верификации тяжелых форм пневмококковых пневмоний. МвК. 2015;(4):10- 14</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Nikolenko VV, Fel'dblyum IV, Zaharova YUA, Vorob'eva NN. Comparative assessment of the specificity and sensitivity of the immunochromatographic express test and polymerase chain reaction in the verification of severe forms of pneumococcal pneumonia. MvK. 2015;(4):10-14. (In Russ.).</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit10"><label>10</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Мавзютова Г.А., Кузовкина О. З., Мирсаяпова И.А. Диагностическое значение современных методов микробиологической верификации внебольничной пневмонии в клинической практике. Клиническая лабораторная диагностика. 2015;(12):31-34</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Mavzyutova GA, Kuzovkina OZ, Mirsayapova IA. The diagnostic value of modern methods of microbiological verification of community-acquired pneumonia in clinical practice. Klinicheskaya laboratornaya diagnostika. 2015;(12):31-34. (In Russ.).</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit11"><label>11</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Брико Н.И., Бражников А.Ю., Кирьянова Е.В., Миндлина А.Я., Полибин Р.В., Торчинский Н.В. Клиническая эпидемиология и основы доказательной медицины. Междисциплинарное учебное пособие для врачей. М.; 2019</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Briko NI, Brazhnikov AYU, Kir'yanova EV, Mindlina AYA, Polibin RV, Torchinskij NV. Clinical Epidemiology and Evidence-Based Medicine. Mezhdisciplinarnoe uchebnoe posobie dlya vrachej. Мoscow; 2019 (In Russ.).</mixed-citation></citation-alternatives></ref></ref-list><fn-group><fn fn-type="conflict"><p>The authors declare that there are no conflicts of interest present.</p></fn></fn-group></back></article>
